明末年间，中原与金国边境战火硝烟四起，姬无双（吴镇宇 饰）的魔教大行肆虐。朝廷与武林联合抗敌。武当派首徒卓一航（张国荣 饰）自幼桀骜不驯，但天资过人，极受掌门紫阳真人看重。卓一航幼年奇遇不断，先后结识了当时还只是武官的吴三桂（高雄 饰）与神秘的狼女（林青霞 饰）。成年后的卓一航为人正直，但浪子本性不改，不愿受礼教束缚，仗义行侠却屡屡受指。大师姐（蓝洁瑛 饰）对其倾心，卓一航却毫不动心。再次偶遇狼女，卓一航心生爱意，狼女亦为之倾心。然后正邪不两立，有情人面对诸般艰难险阻，终是黯然收场……

四大家族之一的金虎堡堡主在一次押镖途中，被四名蒙面和尚劫杀。叶青花被怀疑与此案有关，游侠雷迅助友洗脱嫌疑，竟卷入奇案，三闯少林找出四名和尚，当众伏法，以为真相大白；岂料，四名和尚又到处杀人，雷迅才知道被人利用，引发连场打斗。

宦官弄权的明朝末年，苛税与暴政弄得民不聊生。张君宝（李连杰）与董天宝（钱小豪）是一对自幼在少林寺长大的师兄弟，但两人性格迥异，张君宝善良忠厚，董天宝则狡猾阴险，在争夺进入达摩院修行的资格时，两人因与师伯发生争执，被逐出少林。　　出寺后，两人因志向渐不同而分道扬镳，董天宝贪图荣华参军，张君宝则与一群仁人志士一起劫富济贫。为求高官，董天宝向大宦官刘瑾出卖大批旧友，一时间血流成河。为替义士报仇，也为帮民除害，张君宝在秋雪（杨紫琼）的帮助下，从其师傅的气功心法中悟出一套武林奇功“太极拳”，开始勤加练习，准备不日与敌手来场血战。

四大家族之一的金虎堡堡主在一次押镖途中，被四名蒙面和尚劫杀。叶青花被怀疑与此案有关，游侠雷迅助友洗脱嫌疑，竟卷入奇案，三闯少林找出四名和尚，当众伏法，以为真相大白；岂料，四名和尚又到处杀人，雷迅才知道被人利用，引发连场打斗。

明中叶，东西两厂明争暗斗不断。东厂曹公公手下养了三大高手，分别是孟星魂（梁朝伟饰）、高老大（杨紫琼饰）、叶翔（甄子丹饰）三大高手，亦有小王爷（林志颖饰）帮忙。高老大经营快活林，孟星魂与叶翔皆是其从小养大的结拜弟弟，三人亲如手足。叶翔暗恋大姐，大姐却对孟星魂情有独钟。孟星魂与八卦门掌门之女小蝶（王祖贤饰）是爱侣，小蝶亦已怀有孟之骨肉。四人面对纠缠的感情痛苦不已，而此时孟星魂亦与高大姐接下刺杀孙玉函（徐锦江饰），将西厂李公公控制下的聚贤山庄一网打尽的任务。到底任务能否完成？而四人的感情又将何去何从？