连环命案、私刑执法、预告杀人、以暴制暴...一群号称“神探”的团伙掀起了一场香港有史以来最邪恶的犯罪！患有精神疾病的“癫佬神探”李俊（刘青云 饰）为查真凶独闯犯罪现场！以“神探夫妇”陈仪（蔡卓妍 饰）和方礼信（林峯 饰）为首的重案组也开启了与杀戮赛跑的缉凶之路！敌友之间，正邪边缘，死亡审判的真相究竟是什么？真正的“神探”到底是谁？

自从邪教魔女练霓裳（林青霞饰）与武当首徒卓一航（张国荣饰）分道扬镳之后，从此销声匿迹。但数年之后魔女却已走火入魔，建立魔宫，并练得天下无敌奇功，四处杀戮正派人士。卓却独自呆守于雪峰顶，待奇花盛开之日再觅爱人芳踪，让昔日爱人重生黑发。 　　适逢武当后人封俊杰（陈锦鸿饰）迎娶点苍派玉女虞琴（万绮雯饰）之夜，魔女再现，杀宾客掳新娘，杰为救虞琴不幸身负重伤。武当派除杰与小师弟绿痕之外，亦无人幸免。 　　杰与绿痕遂联合各派小侠，准备向魔女的魔宫进攻，营救爱妻，誓杀魔女。

1991年，香港黑帮龙头倪坤被杀，倪氏家族旗下五大头目中除韩琛（曾志伟）外，均伺机背叛发难，不料却被倪家不起眼的第二代倪永孝（吴镇宇）不费一兵一卒牵制，此举引来重案祖督察黄志诚（黄秋生）的戒心，使其派出警校学生陈永仁（余文乐）渗入倪家进行长期的卧底工作，而韩琛为了巩固势力，早在警察内部安插了线人刘建明（陈冠希）。三年后，事业蒸蒸日上的倪永孝为安枕无忧，决意将五大头目一举歼灭，却因疏忽让韩琛成为漏网之鱼。　　1997年，大难不死的韩琛重出江湖，为替死去的同事报仇，黄志诚找到他商议合作除掉倪永孝的事宜，不久却发现此举铸成大错，而各自为自己的尴尬身份苦恼的陈永仁和刘建明，则在无间道的路上越行越远。

旺是个大陆仔，一直望一朝发达，但不是个坏人，并不愿做伤天害理的事。 　　旺因为同乡兄弟的关系，结识了黑帮大佬斋哥，斋迫他走私白粉，结果事情被旺的契爷拆穿，斋命手下捉住旺的手枪杀了契爷，旺伤心欲绝。 　　契爷的儿子奇知道此事後找上旺，并展开对斋的复仇行动，旺不愿牵涉其中，起初没有插手此事。 　　後来斋又迫旺走私白粉，旺拒绝，被斋毒打一番。终於奇找到了契爷的死亡真相，旺唯有硬著头皮与他一齐去找斋报仇。

在帕米尔，有一支信仰神秘力量的古老部族，其中正邪两派对峙多年。这一年，邪派头目（狄威 饰）将长老杀死夺权，长老在临死前告知自己的女奴斯娜（朱宝意 饰）继任者将从东方赶来……香港设计师祖（周润发 饰）与女友艾达（蓝洁瑛 饰）来尼泊尔旅游，祖在野外遇险，受伤后返港入院治疗。在医院，祖不时会看到斯娜的幻影。不久，斯娜亦来到香港，并赶到医院将祖的伤治好，而且赋予他特异功能。将斯娜收留在家中的祖瞒着艾达，渐渐与斯娜产生了感情。与此同时，邪派头目来到香港，意欲杀害祖和斯娜。斯娜为了完成前任主人的嘱托，暗示祖前往尼泊尔收服邪派，但先行一步的对手，早已逼近了他们的身边……