香港庙街，各路势力云集，犬牙交错。身体残疾、在黑帮老大烟铲乐手下讨生活的盲辉（曾国祥 饰）与大陆偷渡过来的女孩小惠相恋。PTU部队利用盲辉端掉黑社会团体和联胜的贩毒窝点，引发和联胜老大丧昆与烟铲乐的冲突。丧昆追杀盲辉之时，遭到乐之手下火爆的伏击，坠楼而死。 　　鉴于恶性案件时有发生，警局展开大规模扑杀行动，庙街中由黑社会把持的店铺被迫关闭。烟铲乐恼羞成怒，迁怒盲辉，致使其与女友流落街头。李永森（任达华 饰）执勤途中逮捕了滋事的小惠，令盲辉对这个导致自己幸福破碎的沙展萌生恨意……

刘国忠（任达华 饰）是一个身患绝症的警察，他的前途暗淡无光，他接到任务要保护一个证人的女儿。督察马军（甄子丹 饰）是身手了得的武术家，一心要接替忠的位置。忠派去黑道大哥宝爷（洪金宝 饰）身边的卧底意外死亡，原因不明，忠怀疑是宝爷所为。于是把宝爷押送到警局盘问，苦于没有证 据，忠迫不得已开始捏造证据控告宝爷，全警局都深谙此道，只有军蒙在鼓里。 　　然而，证据神秘消失，宝爷走出警局时，扬言要杀掉忠的所有手下，果然他身边的冷血杀手Jack（吴京 饰）干掉了忠一帮下属，马军意外发现，忠的下属和宝爷之间原来还另有恩怨，马军怒火中烧，决定与宝爷和Jack决一死战。

20世纪60年代，中国香港鱼龙混杂，混乱不堪。英国人治下的皇家警察贪婪无度，甚至与黑道相互勾结，搜刮民脂。年轻探长雷洛（刘德华 饰）踌躇满志，小心周旋在英国人和华人上司之间，并瞅准一切机会攀登权力山峰。在某次火并事件中，雷洛看中了敢打敢杀的伍世豪（甄子丹 饰）。来自南洋的伍世豪义字当头，情愿为兄弟两肋插刀。他凭借一股闯劲儿在黑道打出自己的位置，同时借着与雷洛相互帮衬的势头而声名鹊起。最终，刀头舔血的雷洛和伍世豪共同成为分别执掌白道和黑道的重量级人物。 　　而在这一过程中，这对兄弟也渐渐发生分歧。当风暴来临之际，一切即将变化……

上集的末尾，雷洛（刘德华 饰）遇上了阿霞（邱淑贞 饰），并见到自己的儿子雷用贤，原来当年阿霞被亲戚带到了东莞，逃过了那场大火，当时已有身孕。雷诺自觉愧对他们母子，和妻子白月嫦（张敏 饰）商量后，准备纳阿霞为妾，谁知此时，港英政府宣布废除大清律例，执行一夫一妻制，阿霞无奈 之下，带着儿子远走他乡。 　　十多年之后，一家人再次重逢。此时的雷洛荣升总华探长，经历了偏门百花齐放的六十年代，累积了巨额财富，成为当时社会最叱诧风云的人物，不过潜在的危险也渐渐袭来；阿霞一人在海外辛苦，供儿子念书，身染重病；儿子雷用贤（郭富城 饰）大学毕业，是港英政府筹建廉政公署而招揽的人才，对父亲的所作所为深恶痛绝。 　　阿霞病危，雷洛带伤到医院探望，雷洛的仇家也追杀到了医院，儿子雷用贤看见父亲陷入险境，心中也展开了激烈的天人交战……

马来西亚爆发神秘传染病，当地药业公司AMANAH研究的特效药MD5成为救助病患的神丹妙药。可是一直跟踪报道该疾病的记者宋丹文意外死亡，跟着AMANAH总裁张日善（郑则仕 饰）的儿子在办公室自杀身亡。经警方调查，张公子纯系他杀。与此同时，张公子的妻子彭珍美（周秀娜 饰）秘密跑到香港，她随身携带的机密引起多方势力的争抢。香港警察王大伟（吴镇宇 饰）与马来西亚皇家警察警长李永勤（张智霖 饰）接头，协助调查这一系列案件。不久后，王大伟收到一段视频，视频录制者自称“泄密者”指控AMANAH是绝命病毒的始作俑者，而张日善的二儿子更落到他们手中。 　　与死神争分夺秒，李永勤和王大伟展开夺命追查……

有惨淡家境的香港街头小混混中秋（李灿森）虽对未来迷茫，为人却很豪爽讲义气，将总被人欺负的弱智男孩阿龙（李栋泉）当作自己的亲人“罩”着，可是在他被仇家捅成重伤躺在医院时，老大派去运毒的阿龙被人打死。 　　而另外两个与他的生命有过交叉的少女——留下两封遗书跳楼自杀的女中学生 阿珊（谭嘉荃）、他爱上的等不到合适肾源医治绝症的濒死少女阿屏（严栩慈）——的“命中注定”，则加重了他青春的绝望。他能走的路，似乎只有听天由命。

龙老四（曾志伟 饰）是黑道大哥，秘密鲸吞了一亿二千万的公款，准备和情投意合的小三阿姗私奔到国外。此事，引起了帮派四大天王的内斗，并引发血案。米探长（林雪 饰）奉命调查，但这人生性胆小，敷衍了事。帮派元老柴叔和小字辈发仔（余文乐 饰）目睹了这一切，觉得蹊跷，怀疑事出有因。发仔的恋人小玲（黄伊汶 饰）总是提心吊胆，生怕他出事，劝他不要介入。仅剩的天王（张耀扬 饰）怀疑龙老四才是幕后主使人，因此派手下前去调查，杀害了发仔的朋友。其弟跑来劝发仔躲避，不幸丧命，小玲也被误杀。发仔愤怒之极，此时抚养柴叔也卷入此案，发仔奋力营救，两人才逃出魔爪。龙老四私奔未成，遭到老婆与养子Peter仔暗算。危急时刻，柴叔与发仔正好杀到，由此引出一段鲜为人知的江湖隐情……

岳哥（罗烈 饰）、阿汉（任达华 饰）和阿灿（张学友 饰）是三名为黑道做事的杀手，三人在一起合作了很长的时间，彼此之间十分的默契，出生入死的经历也培养出了坚实的友谊。随着时间的推移，岳哥渐渐的厌倦了杀手这份职业，同事他也担心自己的所作所为会影响到女儿的安全，于是和警方合作，在一次行动中假死，从此隐姓埋名开始新的生活。 　　岳哥的死很快就引起了黑帮大哥的怀疑，于是他派出了阿汉和阿灿对事件进行调查，并嘱咐他们如果遇见了岳哥，要将他杀之而后快。为了避免他们三人互相包庇，大哥绑架了阿灿的女友，以她的性命相要挟。

澳门回归前三天，五位情深意重的杀手。杀手阿和(张家辉饰)与妻子阿静(何超仪饰)带着刚满一个月的孩子重返故地，阿火(黄秋生饰)与阿波(林雪饰)奉黑社会老大大飞(任达华饰)的命令来追杀阿和，但另一对好兄弟阿泰(吴镇宇饰)与阿猫(张耀扬饰)闻讯，为了情义前来阻止。冲突在阿和家突然爆发，又迅速重归平静。最后他们决定一起做一宗大买卖来解救阿和，在谢夫(张兆辉饰)那里，摆放在他们眼前的是两个选择：暗杀蛋卷强(林家栋饰)或者抢夺一吨黄金……最终他们选择了前者，然而却在餐厅和死对头大飞不期而遇，一场恶战难免。

香港警队被元（任贤齐 饰）率领的悍匪打得无力还击的一幕被电视摄制队拍了下来，全港市民哗然。为了声誉，全港3万多的警员都投入到缉拿重犯的行动中。重案组督察恒（张家辉 饰）跟踪元到了一栋大厦，在他们正想行动时，副指挥官Rebecca（陈慧琳 饰）却打算把整个过程通过电视现场直播。恒与其他队员都带上了微型摄影机冲入了现场，大厦内早已躲着另一班劫匪，形势凶险，Rebecca却想剪掉此片断。在大厦内挟持人质的元把在闭路电视上录到的警匪搏击片段发给了传媒，警方更加尴尬了。元挟持人质对抗警察，恒救出了人质，逃跑了的元遇到了Rebecca，Rebecca从未见过恒跟元，便误以为元是警察恒，元将计就计，想借此脱身。

警察乐一言（古天乐 饰）的独生女遭杀害，凶手施害手法极其残忍……这一切都指向亡命之徒宋境南（林家栋 饰）。怒火中烧的乐一言决定拼死一搏，为女复仇。两位父亲，三起命案，以爱为名的杀女之仇，这一次他一定要手刃真凶。

荷兰黑帮头目遭到暗杀，引发了一系列报复行动。其中，头目得力手下林健（梁朝伟 饰）回到香港展开了复仇行动。得到情报的香港警方派遣洛珊（麦翠娴 饰）和杜伊玲（梁艺龄 饰）保护了四名被健视为对头的人。健与珊、玲形成了对立关系。在一次围村行动中，珊和玲遇到了健的好友高辉（李子雄 饰）。原来，辉和珊、玲是青梅竹马，他们之间的感情在此次相遇中得以重新点燃。玲继续追踪健，但却在一次枪战中受伤。健毫不犹豫地冲上去救了她，这使得玲对健的态度逐渐改变，四人之间形成了复杂的亦敌亦友的关系。 　　为了对付健，对头人以围村村民的性命作为威胁。在面临生死存亡的关头，健、辉、珊和玲暂时放下了过去的恩怨，联手拯救人质。然而，在混乱中，辉被对头擒获，并受到严重的伤害。健见其痛苦，无法忍受，于是决定一枪了结了他的痛苦，然后与对头展开了最后的生死决战。

为打击日益严重的犯罪，内地警方应港府要求，派遣向东（徐锦江 饰）、京生（林国斌 饰）、郭学军三名警员，以偷渡客的身份登陆港岛。在港期间，香港警署程Sir作直接领导，本土探员大大（万梓良 饰）协助办案。他们混入内地犯罪集团，惩治烂仔小兴、击毙江家四兄弟，行动干练，手段凶狠。但他们的作风却不为程Sir所欣赏，另一方面，江家兄弟之死也掀起黑帮的复仇怒火，大大更因此丧命。 　　应京生当年战友阿虎之邀，三人假装参与银行抢劫团伙，暗中则和警方联合，意欲将抢劫团伙一网打尽。然行动前夜，突生变故……

黑社会组织成员韦吉祥（刘德华）因突发纷争砍伤仇家丧波惹上麻烦，在曾心仪许久的大律师Sandy（梁咏琪）的帮助下，他的麻烦得以摆脱，丧波被判入狱五年，但他的妻子亦被人撞死。独自抚养爱子大洪（余文浚）的韦吉祥拙手笨脚，与大洪摩擦不断，幸得红颜知己Ruby（关秀媚）从中调解，两人关系渐变和谐。 　　为了大洪，韦吉祥有心退出江湖，令组织老大对他越来越不爽。丧波刑满出狱，与组织老大联合起来展开复仇行动，身不由己的韦吉祥只能勇敢地站起来应战，然而一切还是无法控制越变越糟糕。

David（古天乐 饰）、碧咸（苏志威 饰）、碧咸的妹妹阿Ann（杨恭如 饰）、泉（李灿森 饰）从小一起长大，四人宛如兄弟姐妹，David与阿Ann更是青梅竹马。一日，阿Ann在夜总会做陪酒女郎时被黑道社团洪乐社的老大胜（方中信 饰）看上，随后，Ann在酒吧为David庆祝生日时遇到了胜。David与胜争风吃醋发生了争执，打斗中胜错手误伤了泉，使其成了植物人，悲愤不已的David发誓要帮泉报仇。碧咸好赌欠下高利贷无法偿还，被色魔雄要挟用Ann来还债。胜得知后派手下与David、碧咸一起去找色魔雄谈判，岂料谈判破裂双方大打出手，心狠手辣的David奋勇杀出一条血路，斩杀了色魔雄。一时间David闻名江湖，随后加入了洪乐社。David表现出色，很快获得了胜的赏识，他认为为泉报仇的时机已经到了……

上集的末尾，雷洛（刘德华 饰）遇上了阿霞（邱淑贞 饰），并见到自己的儿子雷用贤，原来当年阿霞被亲戚带到了东莞，逃过了那场大火，当时已有身孕。雷诺自觉愧对他们母子，和妻子白月嫦（张敏 饰）商量后，准备纳阿霞为妾，谁知此时，港英政府宣布废除大清律例，执行一夫一妻制，阿霞无奈 之下，带着儿子远走他乡。　　十多年之后，一家人再次重逢。此时的雷洛荣升总华探长，经历了偏门百花齐放的六十年代，累积了巨额财富，成为当时社会最叱诧风云的人物，不过潜在的危险也渐渐袭来；阿霞一人在海外辛苦，供儿子念书，身染重病；儿子雷用贤（郭富城 饰）大学毕业，是港英政府筹建廉政公署而招揽的人才，对父亲的所作所为深恶痛绝。　　阿霞病危，雷洛带伤到医院探望，雷洛的仇家也追杀到了医院，儿子雷用贤看见父亲陷入险境，心中也展开了激烈的天人交战……