1991年，香港黑帮龙头倪坤被杀，倪氏家族旗下五大头目中除韩琛（曾志伟）外，均伺机背叛发难，不料却被倪家不起眼的第二代倪永孝（吴镇宇）不费一兵一卒牵制，此举引来重案祖督察黄志诚（黄秋生）的戒心，使其派出警校学生陈永仁（余文乐）渗入倪家进行长期的卧底工作，而韩琛为了巩固势力，早在警察内部安插了线人刘建明（陈冠希）。三年后，事业蒸蒸日上的倪永孝为安枕无忧，决意将五大头目一举歼灭，却因疏忽让韩琛成为漏网之鱼。　　1997年，大难不死的韩琛重出江湖，为替死去的同事报仇，黄志诚找到他商议合作除掉倪永孝的事宜，不久却发现此举铸成大错，而各自为自己的尴尬身份苦恼的陈永仁和刘建明，则在无间道的路上越行越远。

杀手亚庄（周润发）在一次暗杀行动中误伤了歌星Jennie（叶倩文），令其双目接近失明，自此，深感内疚的他开始暗中保护、帮助 Jennie，并想趁她眼睛完全失明前筹一笔款送她去国外医治，为此，亚庄铤而走险再当杀手，不想任务完成后不但没收到钱，反被雇他杀人的汪海派人追杀。 　　奉命侦查相关命案的警探李鹰（李修贤）在查案过程中知晓事情另有隐情，亚庄并非冷血杀手，开始同其惺惺相惜，而在应对汪海势力的追杀中，两人更是结成生死之交。然而亚庄的命运，似乎是被注定了。

警界老油条阿辉（周润发 饰）生性风流，凭借自己父亲昔日手下沾叔（黄沾 饰）的维护，阿辉在警局虽然得不到升迁，但也落得清闲。新进警员曹里昂（李元霸 饰）的到来打破了这一切，曹大胆甚至莽撞的办案方式连累阿辉大出洋相，阿辉虽恨曹里昂，但碍于上司命令，不得不与曹搭档。 　　与此同时，毒枭罗茂森（徐少强 饰）的手下毒蛇炳将其交易的毒品调包私自出售，毒蛇炳之妹当娜（利智 饰）配合售毒。兄妹二人非法入港相依为命，希望藉由毒品生意改善生活。罗茂森团伙杀人引起警方注意，阿辉与曹里昂两人接手此案，他们很快从当娜身上得到了线索。而罗茂森亦发现毒蛇炳偷梁换柱的所为，一时间阿辉与罗茂森展开了对当娜的争夺……